美英生物医药学家运用新技术解决海量数据问题
时间:2017-12-08

  科学网 - 美英生物医学科学家利用新技术解决海量数据问题

  芝加哥伊利诺斯大学和英格兰诺维奇基因组学中心的研究人员使用SGI UV(TM)加快了复杂问题分析的药物发现。生物技术研究人员最近宣布在SGI(R)UV(TM)高效计算机(HPC)的高密度计算方面取得突破。 SGI UV是适用于当今工业应用的先进可量化的共享存储架构,解决了许多最复杂,最复杂的计算问题。

  该技术由芝加哥伊利诺伊大学医药生物技术中心和英国基因组分析中心成功引入。芝加哥伊利诺伊大学生物制药科学中心的研究人员设计了一种传染性疾病的新疗法,该疗法的重点是使用新菌株和失败疗法治疗多种疾病。发现组成新抗微生物分子骨架的新化合物是一项艰巨的任务。一种可行的方法是通过检测数千种化合物对各种化合物文库中独特靶标的影响来找到对细菌生长具有抑制作用的化合物。这个过程以前是一个耗时,昂贵和昂贵的任务。

  另外一个平行的方法是,化合物的立体结构已经被建立,以虚拟筛选与独特靶标相互作用的化合物,在虚拟文库中筛选分子后,对它们进行评分,以这种方式筛选出数以百万计的分子,并逐渐形成所选择的化合物进入较小的池进行测试,虚拟筛选需要使用数百个处理器来平行筛选数百万个化合物。

  芝加哥伊利诺伊大学制药生物技术中心教授迈克尔·约翰逊说,过去十年左右,研究中心的研究人员已经使用了SGI IRIX(R)OS计算机集群,现在正在迁移到Intel Xeon R)大型阵列处理器和NVIDIA Tesla(R)图形处理器SGI UV高效计算机来处理数据。这些计算机集群在管理连续和并行计算方面表现出极大的灵活性,并且与SGI系统的兼容性使研究人员能够无缝地访问SGI并扩展计算能力,以应对这些年来不断增长的复杂问题(郑颖)

  “中国科学”(2012-05-24 A2 International)